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354 １月 国際オリンピック委員会（ＩＯＣ）の五輪開催地決定に関する疑惑問題で、吉村知事は二十九日、長野五輪招致活動について、「行き過ぎがあったとは思っていない。過剰接待もなかった」
355 1999年の2月3～4日、羽田空港内に取り残されていた穴守稲荷の鳥居が弁天橋のそばへ移転された
356 ２月報道ステーションで「汚染地の苦悩農作物は安全か」と題した特集でホウレンソウを始めとする所沢産の野菜がダイオキシンに汚染されていると報道。そのため埼玉県産農作物の卸価格が半値以下に下落する被害が出た。
357 ３月「だんご３兄弟」発売3日目（1999年3月5日）で出荷枚数250万枚突破の大ヒットとなった。
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359 ３月 能登半島沖不審船事件。 海上保安庁は巡視船15隻、航空機12機を動員し追跡。20時頃「ちくぜん」が海上に向かって曳光弾50発発砲
360 ５月８日（現地時間７日）、旧ユーゴスラビアの首都ベオグラードにある中国大使館をＮＡＴＯ（北大西洋条約機構）軍が空爆し、３人が死亡し、２０人以上が負傷した
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362 ２月 臓器移植法施行後、初めて脳死者から臓器移植が行われた
363 ポケベルは、漢字表示機能（1996年）、基本料無料（1999年）などの対策を講じたが、急激に加入者数は急激に減少
364 1999年に、児童相談所に寄せられた児童虐待についての相談は11,631件で、前年に比べて、約1.7倍に増えている
365 4月 - 早稲田大学教育学部に入学するも、3か月間登校しなかったため批判が集まる。3か月後の初登校はマスコミが100人以上集まる騒動に
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367 ７月 全日空６１便ハイジャック事件。副操縦士や乗客が犯人を取り押さえ犯人逮捕。犯行の動機について「宙返りやダッチロールをしてみたかった」「レインボーブリッジの下をくぐってみたかった」などと述べた
368 ６月 米マイクロソフト社のビル・ゲイツ会長は、存命中の人物のものとしては史上最高額の寄付を行ない、家族が運営する財団の基金を2倍の規模にした
369 8月 第一勧業銀行、富士銀行、日本興業銀行の全面的統合
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372 ９月３０日
茨城県の原子力施設が集中する東海村JCOで、高濃度ウラン燃料の加工をしていた工場で臨界事故が発生した。作業員3名が重度の被曝をし、内2名が死亡した。周辺住民なども多数６６７人被ばくした
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374 ３月から１１月までに神奈川県川崎市の市立小学校５校で計７件の異物混入があった。 うち５件が縫い針で２件が画びょう。パンやスープに入っているのを児童が見つけた
375 ９月
神奈川県警覚醒剤使用警官隠蔽事件 県警トップが有罪判決を受けた
376 １１月 から運輸多目的衛星１号（ＭＴＳＡＴ-1）を搭載して打ち上げたが、1段目エンジンが破損し推力を失ったため地上からの指令で爆破、機体と衛星は父島の北西約380kmの海中に落下した
377 ６月 JR山陽新幹線・福岡トンネル内壁のコンクリート(重さ約200kg)が剥落・落下し、最高速度に近い時速約220kmで走行中の 新大阪発博多行き「ひかり351号」(12両編成・
乗客約250人)屋根に衝突した。人的被害はなかった。
